Junto con la clasificación WHO, los casos basados en MDS se pueden también clasificar según la causa subyacente. Esto se conoce como una clasificación clínica.
Si la causa no se puede identificar, se le llama MDS primario. (Este tipo es más común).
Cuando se sabe la causa de la enfermedad, se le llama MDS secundario.
El MDS secundario está a menudo relacionado con tratamiento previo contra el cáncer, o se desarrolla en alguien que ya tenía una enfermedad diferente de médula ósea. Esto se discute detalladamente en Factores de riesgo para los síndromes mielodisplásicos.
La clasificación de los casos de síndrome mielodisplásico en primarios o secundarios es importante porque los secundarios tienen muchas menos probabilidades de responder al tratamiento.